4 мая 2012 года состоялось внеочередное заседание Ученого Совета СПбГМУ им. И.П. Павлова, на котором сотрудникам вуза был представлен новый исполняющий обязанности ректора университета.
Аттестационная комиссия Минздравсоцразвития утвердила на эту должность кандидатуру академика РАМН, доктора медицинских наук, профессора Сергея Багненко, предварительно отклонив все ранее предложенные кандидатуры на пост и.о. ректора. В первоначальном списке кандидатов были: Евгений Баранцевич, д.м.н., профессор, заведующий кафедрой неврологии и мануальной терапии факультета последипломного образования; Дмитрий Семенов – д.м.н., профессор, заведующий кафедрой общей хирургии; Андрей Яременко – д.м.н., доцент, заведующий кафедрой челюстно-лицевой хирургии, декан стоматологического факультета; Сергей Яшин – профессор, который в течение предыдущего года исполнял обязанности ректора 1 Меда.
Сергей Федорович Багненко родился в 1957 году в г. Херсон. Выпускник Военно-медицинской академии им. Кирова 1980 года. В 1985-87 годах служил в Афганистане. В 1990 году защитил кандидатскую диссертацию, в 1998 – докторскую. С 1998 года занимает пост директора НИИ скорой помощи им. И.И. Джанелидзе, с 2000 года заведует кафедрой хирургии повреждений СЗГМУ им. И.И. Мечникова. В 2004 году назначен главным хирургом Минздравсоцразвития по Северо-Западному федеральному округу. С 2008 года является национальным координатором по вопросам предупреждения случайных травм Европейского регионального бюро Всемирной организации здравоохранения и главным специалистом по скорой медицинской помощи Минздравсоцразвития РФ. В конце 2011 года Сергей Багненко был избран депутатом Государственной думы от партии «Единая Россия», однако депутатом так и не стал, уступив место другому кандидату. Это не помешало ему стать заместителем начальника избирательного штаба в Санкт-Петербурге кандидата в президенты России Владимира Путина в феврале 2012 года.
Обязанности директора НИИ скорой помощи им. И.И. Джанелидзе временно исполняет Вадим Стожаров, доктор медицинских наук, профессор, заместитель директора по научной, учебной и кадровой работе.